人生自古谁无死，留取丹心照汗青。耿直廉洁、不精强权、秉公执法、断案如神，一代廉吏海青天。明朝，中国历史上朝政最为混乱的时期，奸臣与宦官相把持朝政，贪官数不胜数，海瑞：淳安县一个九品县令，他刚正不阿，耿直廉洁，不畏强权，秉公执法，断案如神……民间百姓称之为“海青天”。嘉靖年间，当朝太师严嵩，权大若海，只手遮天，勾结宦官，乱朝乱民；海瑞无畏权贵，以小小知县身份顶撞严嵩亲信、御史胡宗宪，智弄贪官钦差鄢懋卿……，联合大臣徐阶、御史张居正等，弹劾严嵩，霎时宫廷群舌争辩、剑弋相向、血腥四起……严嵩垮台后海瑞任职户部主事，接触政权中心，看到朝廷混乱、国库空虚，痛心万分，便自己抬着棺材，冒死向嘉靖皇帝讲谏，上书批评皇帝迷信道教不理朝政等事……却被罢官下狱……万历登基后，任命海瑞为钦差巡抚应天入府，他“敲山震虎”铲除各地方恶霸，处置各府贪官……所到之处，群匪、贪官闻风丧胆，百姓爱戴……万历十五年（1587年）清廉一生的海青天被自己调教的弟子出卖，在愤怒、郁闷、无奈中郁郁而终。

明嘉靖皇帝欲登仙界，整日祈求长生不老。他受道士王金、申世恩、花非花之骗，降旨要在仙人巷修建灵坛一座，供养女姑花非花奉献的"灵芝仙草"。为建灵坛，工部主事顾造及道士率众锦衣卫强拆民房，搞得黎民百姓惶恐不安。户部主事海瑞巡视民情时，目睹奸臣掠夺民财，他挺身而出伸张正义。梁材奉首辅大臣徐阶之命督察修建灵坛之事，与海瑞相遇，二人同慨百姓的疾苦，共诉嘉靖昏庸无道。来到仙人巷，梁材一眼识破道士、道姑乃是他三年前曾追捕过的三个贼人。

嘉靖年间，当朝太师严嵩，权大若海，只手遮天，勾结宦官，乱朝乱民；海瑞无畏权贵，以小小知县身份顶撞严嵩亲信、御史胡宗宪，智弄贪官钦差鄢懋卿……，联合大臣徐阶、御史张居正等，弹劾严嵩，霎时宫廷群舌争辩、剑弋相向、血腥四起……严嵩垮台后海瑞任职户部主事，接触政权中心，看到朝廷混乱、国库空虚，痛心万分，便自己抬着棺材，冒死向嘉靖皇帝讲谏，上书批评皇帝迷信道教不理朝政等事……却被罢官下狱……

万历登基后，任命海瑞为钦差巡抚应天入府，他“敲山震虎”铲除各地方恶霸，处置各府贪官……所到之处，群匪、贪官闻风丧胆，百姓爱戴……万历十五年（1587年）清廉一生的海青天被自己调教的弟子出卖，在愤怒、郁闷、无奈中，郁郁而终……

明嘉庆年间，浙闽总督胡宗宪之子胡公子整日游手好闲，花天酒地，巧取豪夺，仗势欺人，闹得各州县鸡犬不宁，老百姓敢怒不敢言，畏之如虎。

本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩（倪大宏 饰）党羽密布、权倾朝野，清官海瑞（黄志忠 饰）不惧强权，敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达，市井文化也算繁荣，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满，“倒严”之声喧嚣甚上，从上至下、从里到外，从朝廷到地方官府，到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......