昏君重色，奸佞弄权。为讨好皇帝换取朝野势力，贬至江陵的秦淮王爷，在王府总管夏梦海的谋划下，肆意掳掠民间少女进献。画师林欢流落市井，渴望出人头地。一次偶然机会，与好友白泽被秦淮王府招致麾下，帮助秦淮王摸查民间少女。在这个过程中，林欢与青梅竹马的善雨重逢，再生情愫，并成功拜师神笔大侠马成勋。因为林欢的一次失误，导致善雨被王府抓走。为救心上人，林欢与秦淮王府展开一系列的斗智斗勇，逐渐发现隐藏在王府内的惊天阴谋。为对抗阴谋、拯救苍生，林欢与反派展开殊死一战，终成一代神笔大侠。

该片是一部反映古代劳动人民善良智慧，暴露剥削阶级丑恶嘴脸，充满“惩恶扬善”意愿的神话故事。它通过神笔马良的神话传说，表现了善恶、美丑的对立，揭示了正必胜邪的真理。影片以木偶戏的形式展现，画面优美，木偶造型精巧细致，具有浓郁的民族色彩，是一部不可多得的动画精品。影片多次获得国内国际电影大奖，被视为我国儿童电影中的经典作品。