進入二十一世紀，飛虎隊在頭目Stone的帶領下，面對內憂外患，首先，一群舊人已經老化，部分老隊員更不是退役，便是轉職。其次，飛虎隊進入新舊交替的時期，投考人數減少，警方高層希望Stone降低標准，但Stone當然拒絕，因這可能要隊員賠上性命。新加入的隊員和Stone有隔閡，有人因飛虎只是一味操練而不是對付罪犯，怀疑當飛虎的意義。飛虎要因應時世的改變而進行新的培訓，以防有一天要對付恐怖分子及擁有現代化犀利槍械和軍火的罪犯。新的隊員一時間未能适應。另一方面，當局對Stone亦不太信任，畢竟他是個英語說得比中文好的隊長，再加上經濟不景，飛虎所得的資源只減無增。凡此种种，都令Stone充滿煩惱，飛虎隊可說是面對要証明本身是最現代化的精英部隊的种种挑戰。 王季一伙罪犯，來自五湖四海，包括泰國，菲律賓，越南，相同的是他們過去?都從軍隊中學回來不少軍事常識，王季通過一名本港線人給予警方假線報，重案組警探耶穌得此假線報，通知其好友兼上司韓堅，說有批軍火已呷胂愀郏w虎隊奉命出動捉拿匪徒，結果扑了個空，只搗破一個翻版中心。王季一伙則偷偷的錄影了飛虎隊整個行動過程，以備日後造案時遇上飛虎隊，知道如何對付。 是次行動無功而還，耶穌十分無癮。他決定去考飛虎隊，但仍會將功補過，繼續追查這宗案件。

在飞虎队担任狙击手的郁飞（陶大宇饰）调升为队长，领导20名已服务一年的队员。飞虎队在一次执行任务时，队员猎人（容锦昌饰）与一仔（陈国邦饰）因救人质心切而私自行动，违反纪律，遭上头责备，幸郁飞求情才不致被革职。春冰（尹扬明饰）曾是飞虎队精英，与郁飞情同手足，亲弟惨死于匪徒枪下而性情大变，屡犯错误，终被革职。往泰国潜心修道三年。而春冰突然出现为郁飞庆祝生日，且带来他们之间的女友亚美，已经消失的三角关系又出现了，令亚美心如鹿撞。在一次行动中，神秘人出现，用冷枪射杀匪徒，神秘人在郁飞眼前惊鸿一瞥，郁飞顿生疑惑。上司怀疑神秘人是飞虎队员，要展开内部调查，交由重案组郑SIR全权负责，郑SIR以一贯作风向队员逐一盘问，调查结果证实队员们是清白的。郑SIR怀疑神秘人物是郁飞当年的好友春冰，要求郁民冰合作调查春冰，郁飞左右为难，一仔、猎人同情队长处境，并声言绝对支持。