《魔幻仙踪》讲的是一个名为“海婴”的小女孩寻找母亲的故事。她没有高深的法力，也经常被村里的小伙伴们排挤，但是因为某一天，突如其来的危险，海浪精灵的提示，她踏上了寻找身世的漫长之路。在这充满艰辛和挑战的一路上，海婴不再是那个幼稚脆弱的渔村姑娘，而成长为一个敢于面对邪恶，敢于面对挑战，敢于面对悲欢离合的可爱的小英雄。同时，她也收获了满满的友情。絮絮叨叨但始终不离不弃的平平与安安，曾经身为海盗却在后来挺身相助的默默等等，他们陪伴着海婴驰骋在充满魔幻的世界里，从人类世界到神秘的海底世界，再到奇幻的精灵世界，经历了重重磨难与艰辛，最终救出了母亲，击碎了巫师和魔王的惊天阴谋。

剧本围绕小主人海婴、默默及周围水族动物在海洋世界中，所发生的各种各样的惊心动魄、浪漫感人的故事。塑造了一个个善良、勇敢、诚实的人物形象。并通过他们所经历的充满奇趣、幻想的历险，表达了积极乐观，不畏艰险的主题思想。 　　 虽然充满了各种神奇的历险，却始终贯穿着海婴寻找母亲，拯救母亲的情感主线。通过无数次磨难、相见与分离，淋漓尽致地展现了母爱的伟大和孩子对母爱的渴求。 故事不仅展现了人类世界，还展现了海洋世界和神的世界。小女孩海婴以自己渺小微弱的身躯冲向大海深处，寻求制服烈焰魔王的法宝，可见她对人类和自然的爱。以鱼兄弟为主的海族动物们，虽然顽皮淘气，但能不惜生命地帮助海婴完成使命，其中也蕴含着它们保卫生存家园的信心和决心。在明慧仙子，魔卡等人构筑的神的世界中，爱与和平也永远是不可战胜的正义力量。 　　 成长是本故事要表现的另一个重要主题。人总是要经历事情才能成长的，如果一个孩子一直处在温暖的安乐窝中，随着岁月的流逝，成长的只能是身体，而他的心灵将永远封闭停留在原始的状态，不得开化。剧中的小主人公海婴从小生长在渔村，无忧无虑，突如其来的危险把她带入了接连不断的经历中，从此她也开始了充满艰辛和挑战的成长历程。在情感方面，海婴由开始不知道母亲是谁的追问疑惑，到确定自己身世后的不倦寻找，再到和母亲相遇却不能在一起的生离死别，最后到化小我为大我、全身心投入到拯救渔村拯救大海的战斗中，这个过程里，海婴的情感一次次地受到打击，又一次次地坚强起来，逐渐地，海婴不再是那个幼稚脆弱的渔村姑娘，而成长为一个敢于面对邪恶，敢于面对挑战，敢于面对悲欢离合的可爱小英雄。其他人物，比如默默、兄弟鱼等，也在跟随海婴的路上不断地磨练，不断地发现自我和重建自我，改变了曾经的懦弱、狭隘和不懂事，成长为有勇气，有智慧、有人（鱼）格的一群。当然，除了心理的成长，体格的成长也是自然而然的，小主人公们出生入死，风里来雨里去，必定也会成长出一副好体魄！

一个不知道自己身世的渔村小女孩海婴为了寻找自己的身世，不小心释放了穷凶极恶的魔王，从此世界开始变得不可收拾，海水变暖、冰山倒塌、海啸等问题相继出现，海婴和她的小伙伴们通过自己的不懈努力以及大家的支持，最终制止了魔王，找到了母亲，解开了身世之谜，并让世界恢复了安宁、平静。